Prácticas de Análisis de Secuencias

Juan Carlos Sánchez Ferrero, Federico Abascal , José María González-Izarzugaza

Guía para realizar estas prácticas:

1a) Terminar las prácticas de Bases de Datos y Alineamiento de secuencias.

1b) Terminar las prácticas de Motivos y Dominios, y Familias de proteínas.

-Objetivos: todos los alumnos deben ser capaces de acceder a información en las bases de datos del NCBI y SRS, y usar y entender las aplicaciones y / o servidores de BLAST, Clustal, Belvu, PsiBLAST, Prosite, Pfam y COGs.

1) Continuación de las prácticas de Bases de Datos y Alineamiento de Secuencias

2) Análisis de una secuencia problema:

Secuencia procariota
Hemos clonado y secuenciado un trozo del genoma de Escherichia coli que creemos
que puede tener algún gen interesante. La secuencia es:
ataatagccatcacgcgtctccgttttgctgtttagcaggcctcatcagagagtcgctgc
gacctcatcagagatttcaccgttatggtaaacttcctgcacgtcgtcgcaatcttccag
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¿Contiene algún gen? (BLAST, orfind, ...) Si es así, determinad la secuencia de aminoácidos
correspondiente e intentad predecir la función de la proteína usando las
herramientas que ya conocemos.

Algunos consejos generales:
- Buscad homólogos de función conocida,
- Averiguad si se conoce la estructura 3D de la proteína,
- Estudiad la distribución filogenética del gen,
- Analizad la organización de dominios,
- Leed bibliografía...
- En último término (si los homólogos no os dan información)
podéis utilizar servidores como el de COGs y STRING.
¿Por qué pueden resultar útiles?